水運管制權責，區分如下：

一、聯合運輸指揮部：負責水運作業運案之管制。依國軍各單位之水運申 請，完成運量與運能之審查及港口設施之管制運用。戰時依軍事需求 ，對港口有優先使用權。

二、交通部航港局：負責二十總噸以上商用船舶與民間水運作業機具之整 備及配合軍事運輸之作業事宜。

三、行政院農業委員會漁業署：負責漁船（筏）之整備及配合軍事運輸之 作業事宜。

四、海軍司令部：負責艦船（含已徵用之船舶、漁船（筏）機具）調派支 援及各軍港、商港、工業港、漁港軍事運輸之管制作業。