鐵路運輸管制權責，區分如下：

一、聯合運輸指揮部：負責鐵路運輸作業運案之管制。依國軍各單位鐵路 運輸之需求，訂定配運計畫，完成運量與運能之獲得及運用。

二、交通部臺灣鐵路管理局 (以下簡稱臺鐵) ：配合軍事運輸納入管制， 負責鐵路運輸輸具整備作業。