動員實施階段，由國防部、交通部、內政部、陸軍司令部、海軍司令部、 空軍司令部、後備指揮部、憲兵指揮部及其他相關機關派員編成聯合運輸 指揮部，負責統籌管制運用三軍軍事運輸作業、國外物資接轉及協同管制 運用。