本分院設下列部、科、室：

一、內科部，分七科辦事。

二、外科部，分七科辦事。

三、精神部，分四科辦事。

四、神經復健部，分三科辦事。

五、護理部。

六、婦產科。

七、小兒科。

八、放射線科。

九、牙科。

十、病理檢驗科。

十一、急診醫學科。

十二、藥劑科。

十三、營養科。

十四、醫務企管室。

十五、社會工作室。

十六、職業安全衛生室。

十七、秘書室。

十八、人事室。

十九、政風室。

二十、主計室。

臺北榮民總醫院員山分院之業務，由本分院人員派充辦理。