本局設下列組、室、辦事處：

一、護照行政組，分四科辦事。

二、簽證組，分四科辦事。

三、文件證明組，分三科辦事。

四、護照製發服務組，分三科辦事。

五、秘書室。

六、人事室。

七、政風室。

八、會計室。

九、臺灣桃園國際機場辦事處。

十、中部辦事處。

十一、南部辦事處。

十二、東部辦事處。

十三、雲嘉南辦事處。