本基金設原住民族綜合發展基金管理會（以下簡稱本會），置委員九人至 十五人，其中一人為召集人，由原民會主任委員或由其指派之人員兼任之 ；其餘委員，由原民會就有關機關、團體代表及學者、專家聘兼之；任期 二年，期滿得續聘之。