特勤科掌理事項如下：

一、特勤與空勤吊掛任務之規劃、督導及考核。

二、特勤與空勤吊掛專業訓練之規劃、督導及執行。

三、重大、特殊犯罪案件偵辦之支援。

四、特勤與空勤吊掛類裝備之規劃、建置、督導及考核。

五、特勤與空勤吊掛類人員任用之建議及管制。

六、特勤快艇維修、保養業務與裝備料件等管理之執行及陳報。

七、其他有關特勤事項。