查緝隊掌理事項如下：

一、走私、非法入出國與其他犯罪案件之調查、偵辦及協助。

二、安全情報、反情報之蒐集、彙整及運用。

三、專案諮詢之部署、運用及執行。

四、海域與海岸犯罪預防及海巡服務工作之執行。

五、其他有關查緝事項。