檢管科掌理事項如下：

一、入出港船舶與其他水上運輸工具及通商口岸人員安全檢查之執行。

二、協助國內僱用大陸船員相關管制之執行。

三、岸際、港口各項法令彙整與勤（業）務資料之統計、分析及運用。

四、傳染性疫病防處勤務之規劃、督導、執行及考核。

五、岸巡單位、勤務人力調整之規劃、督導、執行及協調。

六、沿近海漁業資源維護、違規取締案件管理與人民申請進出海岸管制區 管理及安全維護之執行。

七、安全檢查勤務之規劃、督導、演訓及考核。

八、安檢裝備、系統之配置、管理、督導及考核。

九、其他有關檢管事項。