海洋生物保育組掌理事項如下：

一、海洋生物多樣性保育與復育政策之整合、規劃、協調、推動及執行。

二、海洋生物外來種防治政策之整合、規劃、協調及執行。

三、海洋非漁業資源保育及管理政策之規劃、協調及執行。

四、海洋生物多樣性種源庫與基因庫設置之研擬、協調及推動。

五、海洋生物多樣性巡護、監控、管制與偵查工作之規劃、協調及推動。

六、其他有關海洋生物保育事項。