綜合規劃組掌理事項如下：

一、本署施政策略、施政計畫、中長程個案計畫之彙辦、管制及評估。

二、海岸與海域管理工作之協調及配合。

三、綜合性海洋保育法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。

四、海洋環境與保育教育宣導之策劃、協調、推動及執行。

五、海洋保育資訊調查之策劃、協調、統計及應用。

六、國際合作與技術交流之策劃、協調、推動及執行。

七、訴願與國家賠償事件之審議及處理。

八、其他有關綜合規劃事項。