綜合規劃處掌理事項如下：

一、國家總體海洋政策之統合規劃、協調及推動。

二、跨機關之海洋事務政策、計畫與重大措施之規劃、協調、諮詢及審議 。

三、國內外海洋事務發展情勢研析與政策措施之研擬及評估。

四、海洋基本法令之研究、規劃、協調及推動。

五、海洋資料彙整、統合研究、應用之規劃及協調。

六、本會施政策略、國家發展計畫、年度施政計畫、先期作業、中長程個 案計畫之研擬、協調、管考及評估。

七、民間海洋團體辦理活動之補助。

八、法制、訴願及國家賠償業務之處理。

九、其他有關綜合規劃事項。