本會設下列處、室：

一、綜合規劃處，分三科辦事。

二、海洋資源處，分三科辦事。

三、海域安全處，分三科辦事。

四、科技文教處，分三科辦事。

五、國際發展處，分三科辦事。

六、秘書室。

七、人事處。

八、政風處。

九、主計處。

十、資訊室。