本局各科、室、中心（以下簡稱各單位），應依下列規定處理業務：

一、對於本局執行法令有關事實認定之案件或海岸巡防總局授權事項，應 依據本局職權處理。

二、各單位有互相聯繫之事務，應由主辦單位會商有關單位辦理，如意見 不同時，應陳請副局長以上長官裁奪。

三、各單位訂定及修正法規時，應會商各有關單位擬訂，並送秘書室審查 ，但情況特殊經簽請副局長以上長官核定者，得免送審查。