檢查管制科掌理事項如下：

一、關於港口安全檢查施政計劃之擬訂、督（指）導暨管制執行事項。

二、關於通商口岸（商港）、工業專用港、遊艇港、漁港安檢勤務之指導 、考核，及出入人員、物品與運輸工具安全檢查規定之擬訂事項。

三、關於商、客、貨輪進出商港（工業港）及漁船筏（民）進出漁港，涉 嫌走私、偷渡（非法入出國）及相關犯罪案件之處理事項。

四、關於商港、工業專用港、遊艇港、漁港安檢所之增設或裁撤事項。

五、關於安檢裝備需求、研發及養護之指導事項。

六、關於查核進出港船舶載運械彈。

七、關於商港、漁港安檢法令之彙編、研修、釋疑、測驗、講習及商檢工 作重大案例編撰事項。

八、關於商港、漁港安檢工作各項資料之統計、分析及運用事項。

九、關於配合主政機關辦理商港、工業專用港、遊艇港、漁港港安演習之 策劃、指導相關事項。

十、關於人民、機關、團體及學校申請進出港事項。

十一、關於協助大陸船員岸置事務之督（指）導事項。

十二、關於協助傳染性疫病防處之勤務督（指）導事項。

十三、關於安檢單位年節慰問金及個案慰問之簽處事項。

十四、有關商港、漁港安檢勤務與緝私專案相關工作之處理及執行事項。