巡防科掌理事項如下：

一、關於共同性巡防政策、巡防事務之執行、管制事項。

二、關於巡防法規、準則、作業程序、業務手冊之修訂建議與編修事項。

三、關於巡防科預算編製、執行管制事項。

四、關於海岸巡防與國防事務劃分之協調及聯繫事項。

五、關於全民防衛動員業務及配合國軍協同作戰演訓事項。

六、關於海洋、海岸地區污染處理，裝備之維護及管理事項。

七、關於海岸地區救難（災）之相關協調、聯繫事項。

八、關於巡防業務之各項會報資料綜整事項。

九、關於巡防勤務規劃指導、督導計畫之策頒、執行及考核事項。

十、關於巡防任務演訓計畫、規定策訂、執行及督考事項。

十一、關於與其他機關、單位有關海岸巡防任務之協調聯繫事項。

十二、關於所屬單位巡防勤務部署指導、審核及長官視導之協調事項。

十三、關於海岸巡防相關研究發展之執行、督考事項。

十四、關於特種警衛勤務之協調聯繫事項。

十五、關於岸巡單位調整之計劃、協調及執行督（指）導事項。

十六、關於與空中勤務有關之協調聯繫事項。

十七、關於巡防艇組及偵巡艇組勤務規劃指導、督導計畫之策頒及考核事 項。

十八、關於巡防勤務裝備之建案、採購、運用規劃及管考事項。

十九、關於海岸管制區範圍審查、會勘、公告及申請進出許可事項。

二十、關於濱海開發案影響任務遂行之評估與會勘事項。

二十一、關於年度教育訓練實施計畫之訂頒、訓練執行與督考、定期鑑測 所屬單位教育訓練成效等事項。

二十二、關於新進士兵職前訓練及司法警察暨巡防士官班訓練（含測考） 計畫之策頒暨訓練流路管制、學、術科測驗與訓練經費編列等全 般事項。

二十三、關於司法警察暨巡防士官班結訓人員士官適任證書之審查、核頒 與司法警察一般專長證書之核轉及獎狀請領、結訓人員晉任等全 般事項。

二十四、關於水上求救生、動力小船、潛水初級人員等各項專業訓練之預 算編列與考照、訓練執行、督導及人員分派、離退管制等事項。

二十五、關於人員研習中心訓練計畫之協調事項。

二十六、關於訓練（運動）場地、器材之建案、管制及指導事項。

二十七、關於訓練用彈、用油之申請、撥發、運用及管制事項。

二十八、關於服勤犬訓練、運用之管制及督導事項。

二十九、關於射擊通報之轉發、核定及管制事項。

三十、關於訓練中、長程施政計畫之研擬、管制事項。

三十一、關於海安演習事項。

三十二、關於軍職人員研究班、正規班等深造教育之推薦事項。