機動查緝隊掌理事項如下：

一、關於情報政策及計畫之執行。

二、關於情報諮詢拓展及運用計畫之執行事項。

三、關於走私、非法入出國、反滲透等人、船（筏）資料調查、案件偵辦 與移送事項。

四、關於輔助社會治安案件之偵辦、蒐證及移送等事項。

五、關於安全情報、反情報及科技情報部署、蒐集、彙整與運用。

六、關於行政管轄區內領海海域及海洋資源、內水、潮間帶海洋環境污染 案件之蒐證、取締、移送事項。

七、關於涉外事務之調查與處理事項。

八、關於地區特性調查、彙整與運用事項。

九、關於海巡文書情報彙整、研析及專題研究事項。

十、關於情蒐裝備教育訓練與保修作業事項。

十一、關於各項情報、保防工作會報（議）分工執行事項。

十二、關於情報預算編制及執行管制事項。

十三、其他上級交辦事項。