秘書室分設四科，各科掌理事項如下：

一、企劃科：

（一）關於施政方針之研議事項。

（二）關於中程、年度施政計畫之審議、彙編及評核事項。

（三）關於中長程個案計畫之研訂及管制考核事項。

（四）關於本總局研究發展事項。

（五）關於為民服務工作之督考、成效彙集及評獎事項。

（六）關於組織結構及功能之研析事項。

（七）關於辦事細則，各單位研訂掌理事項之彙整、修正及陳審事項。

（八）關於海洋事務工作之協調、處理事項。

（九）關於本總局機關簡介編製事項。

（十）關於訴願及國家賠償事件之審議及督考事項。

（十一）關於法制業務及法規管理事項。

（十二）其他有關企劃及管制考核事項。

二、文書科：

（一）關於本總局印信蓋用及典守事項。

（二）關於公文處理之規劃、督檢及收發、分辦事項。

（三）關於本總局例行性會議之規劃、紀錄整理及分行事項。

（四）關於各項會議（報）、活動行程管制事項。

（五）關於對署長以上長官簡報資料之蒐整及製作事項。

（六）關於本總局檔案管理之規劃、推動及督導事項。

（七）關於本總局檔案之點收、分類、編目、典藏、保管、檢調、應用、 清查、銷毀、目錄彙送、電子儲存、機密檔案管理、資料登錄及統 計事項。

（八）關於本總局檔案資訊之規劃建置及協調推動事項。

（九）其他有關本總局檔案管理事項。

（十）關於不屬其他各組、室、中心公文之分發及簽陳裁處事項。

（十一）關於本總局工作年報編製事項。

（十二）其他有關文書管理事項。

三、總務科：

（一）關於本總局現金、票據及有價證券之收入、支付及保管等事項。

（二）關於本總局員工薪餉造冊發放與所得稅、保險費及歲入款等事項。

（三）關於本總局辦公場所與宿舍之環境清潔維護、分配管理及管制等事 項。

（四）關於本總局各組室事務用品（消耗性物品與非消耗性物品）統購分 配管理與清點事項。

（五）關於總局本部水電管理、辦公廳舍零星修繕及膳食管理等事項。

（六）關於總局本部門禁管制、停車證、各式來賓證之申領及營區整體安 全防護等事項。

（七）關於本總局所屬機關秘書室出納業務之督導、考核事項。

（八）關於總局本部不動產、辦公暨生活設備、分配、管理及督導事項。

（九）其他有關總務等事項。

四、公關科：

（一）關於國會、新聞及公共關係業務作業規範之策辦及相關文書擬辦事 項。

（二）關於立法院各種會議或委員會考察、委員質詢案之分辦、協調及聯 繫事項。

（三）關於監察院年度中央機關巡察、巡察決議及委員調查、約詢之分辦 、協調及聯繫事項。

（四）關於立法委員、監察委員關切案件之協調、處理、回覆事項。

（五）關於民意機關洽詢案件之協調、處理、回覆事項。

（六）關於輿論資料蒐集因應及新聞發布、聯絡事項。

（七）關於媒體記者聯繫活動策劃及新聞媒體申請採訪本總局或所屬機構 案件之策辦等相關業務。

（八）關於本總局所屬機關、單位公共關係與新聞聯繫工作之督導、考核 事項。

（九）關於本總局對外公共關係經營及其他有關公共關係事項。