行政院海岸巡防署海洋巡防總局 (以下簡稱本總局) 掌理下列事項：

一、關於海域犯罪之偵防事項。

二、關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。

三、關於依法執行下列事項︰ (一) 海上交通秩序之管制及維護事項。 (二) 海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。 (三) 海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。 (四) 海洋災害之救護事項。 (五) 漁業巡護及漁業資源之維護事項。 (六) 海洋環境保護及保育事項。 (七) 其他依法執行事項。

四、關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。

五、關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。

六、關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。

七、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。

八、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。

九、關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。

十、其他依法應規劃、執行事項。