保防科掌理事項如下：

一、機關保防工作之規劃、督導及執行。

二、社會保防工作之規劃、督導及執行。

三、國家安全偵防工作之規劃、督導及執行。

四、社會治安調查（含走私、偷渡）工作之規劃、督導、蒐集及處理。

五、社會治安與特種勤務情報諮詢布置工作之規劃、督導及執行。

六、特種勤務危安目標情報作業之規劃、督導及執行。

七、港口遭受劫持或破壞初期應變及演習之規劃、督導。

八、港區治安維護及檢管之規劃、督導。

九、其他有關保防安全工作事項。