航空保安科掌理事項如下：

一、出、過境及航行境內航空器、旅客、機員、手提及託運行李、貨物、 郵包檢查業（勤）務之規劃及督導。

二、航空餐點及運送人員、車輛進出管制區檢查業（勤）務之規劃及督導 。

三、辦理民用機場、航空器遭受劫持與破壞事件之相關事項及機場其他緊 急事件之協調處理。

四、執行安全檢查業（勤）務與各公務機關及航空相關事業權責劃分之協 調處理事項及航空相關事業安管單位之聯繫協調。

五、安檢情報蒐集、處理；安檢設備規劃、申購、分配使用、維護、考核 ；安檢人員專業訓練規劃、執行、偵測、督導及考核。

六、關於民用航空站保安計畫之擬訂、審查、修正等事項與保安會之統籌 、會議召集及相關作業之聯繫協調。

七、關於航空保安相關情資之提供、通報之發布與核備、強制執行之通知 及航空安全情資威脅等級之建立與評定、保安措施之強化。

八、航空保安訓練、查核、保安控管人制度及危險物品空運相關業務。

九、關於空中安全人員之甄選、培訓及派遣。

十、其他有關航空保安及安檢相關業務事項。