安全檢查大隊掌理事項如下：

一、空運旅客、航員及行李之安全檢查。

二、空運貨物之安全檢查。

三、航空器之清艙安全檢查。

四、空運郵件總包之安全檢查。

五、空運管制物與違禁物之核驗及查處。

六、爆裂物品之處理。

七、航空餐飲供應之安全檢查。

八、國境安檢資訊之蒐報反映。

九、其他有關安全檢查勤務及協辦。