本局設下列科、中心、室、大隊、警備隊：

一、預防科，分四股辦事。

二、偵查科，分五股辦事。

三、反黑科，分二股辦事。

四、司法科，分二股辦事。

五、鑑識科，分八股辦事。

六、指紋科，分三股辦事。

七、生物科，分三股辦事。

八、紀錄科，分三股辦事。

九、國際刑警科，分二股、二隊辦事。

十、後勤科，分二股辦事。

十一、科技研發科，分四股辦事。

十二、刑事資訊科，分四股辦事。

十三、通訊監察科，分五股辦事。

十四、兩岸科，分二股辦事。

十五、經濟科，分二股辦事。

十六、督訓科，分二股辦事。

十七、偵防犯罪指揮中心，分二股辦事。

十八、毒品查緝中心。

十九、公共關係室。

二十、秘書室，分三股辦事。

二十一、人事室，分三股辦事。

二十二、政風室。

二十三、主計室，分三股辦事。

二十四、偵查第一大隊至偵查第九大隊、電信偵查大隊，分三十七隊辦事 。

二十五、警備隊。