保防科掌理事項如下：

一、保防工作之策劃、督導、執行及處理。

二、保防教育之規劃、執行及督考。

三、機關安全防護之規劃、執行及督考。

四、公務機密維護之規劃、執行及督考。

五、員警（工）忠誠查核工作。

六、新進人員、警察役役男安全查核事項之執行與資料管理及運用。

七、諮詢工作之規劃、布置及資料處理。

八、治安情報資料蒐集之策劃、督導及考核。

九、行動蒐證之訓練、勤務派遣及處理。

十、其他有關保防事項。