主任秘書之權責如左：

一、關於營建重大決策建議事項。

二、關於各組室業務之督導策進及法規研訂、修正、解釋、協調事項。

三、關於各組室文稿之綜核及文書處理，檔案管理之督導事項。

四、關於重要會議之籌辦事項。

五、關於業務研究發展及考核之策劃督導事項。

六、關於署長、副署長交辦事項。