署長之權責如左：

一、關於本署政策之研議、工作計畫方案之擬定事項。

二、關於本署法令規章之研訂、修正、廢止、核釋之擬議事項。

三、關於上級重要命令之執行及向上級建議、請示、申復或報告事項。

四、關於指揮監督所屬各單位之工作及考核事項。

五、關於所屬九職等以下人員之依法任免、調遷、獎懲事項。 (主計人事 人員除外) 六、關於重要會議之主持或參加事項。

七、關於部次長交辦事項。