秘書室分設七科，各科掌理事項如下：

一、機要科 (一) 關於機要文件之處理事項。 (二) 關於部、次長對外函件及文字之撰擬事項。 (三) 關於通訊保密裝備之保管事項。 (四) 關於部、次長參加會議時間之登記及洽辦事項。 (五) 關於部、次長辦公室公文之整理、保管及會客登記、接待事項。

二、議事科 (一) 關於本室文書擬辦事項。 (二) 關於部務會報與主管會談之準備、紀錄整理及分行事項。 (三) 關於本部各單位陳核公文之登錄、送陳及查詢事項。 (四) 關於本室不屬其他各科事項。

三、公共關係科 (一) 關於立法院、監察院有關會議、巡察事項之協調及聯繫事項。 (二) 關於立法院、監察院各種建議案、決議案、質詢案之分辦、彙整、 協調及聯繫事項。 (三) 關於國民大會會議之協調及聯繫事項。 (四) 有關立法委員、監察委員洽詢案件之服務事項。 (五) 關於中外人士參觀訪問拜會之接待事項。 (六) 關於輿論反應及新聞發布事項。

四、綜合計畫科 (一) 有關各項施政報告之撰擬及資料之提供事項。 (二) 關於年度施政方針、施政計畫之彙編事項。 (三) 關於中長程計畫之協訂及彙報事項。 (四) 關於中長程公共建設計畫、社會發展計畫先期作業彙編及送審事項 。 (五) 直轄市政府年度施政計畫審查意見彙辦事項。 (六) 關於年度委託研究及自行研究發展業務之彙辦、推動及評獎事項。 (七) 關於為民服務及年度考核事項。 (八) 關於本部民意調查項目及成果彙辦事項。

五、管制考核科 (一) 關於文書稽催查詢事項。 (二) 關於代擬判行政院院稿之統計。 (三) 關於公文定期查考、公文品質時效與交辦事項之管制及考核事項。 (四) 關於本部及所屬機關年度由行政院列管或自行列管項目之審定、追 蹤、管制、考核事項。 (五) 關於年度施政計畫執行情形之檢查及年度考成之彙辦事項。 (六) 關於行政院院會核定之重要方案、計畫、措施之追蹤管制及考核事 項。 (七) 關於行政院院長、部、次長之指示及行政院院會、重要會議、部務 會議決議之追蹤管制事項。 (八) 關於監察院糾正、調查案之查詢、追蹤管制事項。 (九) 關於本部主管災害救助、復建事項之追蹤管制。

六、第六科 (一) 關於中部辦公室主管會報之準備、紀錄及分行事項。 (二) 關於中部辦公室秘書室綜合業務。 (三) 關於中部辦公室新聞稿之編擬及新聞發布事項。 (四) 關於中部辦公室相關業務之輿情資料蒐集、分析及處理事項。 (五) 關於國家重大建設計畫之彙辦事項。 (六) 關於人民陳情案件處理事項。 (七) 關於本部及所屬機關、學校出國人員報告之審查及簽辦事項。 (八) 關於中部辦公室文書稽催查詢事項。 (九) 關於辦理中部辦公室公文品質時效與交辦事項之管制事項。 (十) 協助辦理行政院院會核定之重要方案、計畫、措施之追蹤管制及考 核事項。

七、第七科 (一) 本部消費者保護業務計畫之彙編與推動事項。 (二) 本部政府出版品管理及協調事項。 (三) 關於本部重要措施之彙編事項。 (四) 關於本部黎明辦公室文書稽催及查詢事項。 (五) 關於科技化國家推動方案之彙辦。 (六) 關於維護公共安全方案之管制。 (七) 本部黎明辦公室相關業務輿情資料蒐集、分析及處理事項。