民政司分設九科，各科掌理事項如下：

一、地方行政科 (一) 關於地方行政制度之規劃、行政組織之釐訂、改進及審核事項。 (二) 關於地方行政之指導及監督事項。 (三) 關於地方自治之規劃、監督及指導事項。 (四) 關於地方自治法令之制 (訂) 定、解釋及指導事項。 (五) 關於地方行政組織法制之釐訂、改進及研究事項。 (六) 關於地方自治法規備查、核定疑義之諮詢及解釋事項。 (七) 關於省政府組織法制之規劃及釐訂事項。 (八) 關於地方各級行政機關印信層轉製發事項。 (九) 關於蒙藏、原住民以外之邊政規劃及研究事項。 (十) 關於會議規範之擬訂及解釋事項。 (十一) 關於國際公共行政組織之參加及活動之協助事項。 (十二) 關於本司不屬其他各科事項。

二、公民參政科 (一) 關於總統、副總統、中央及地方公職人員選舉、罷免法令制 (訂) 定事項。 (二) 關於選舉、罷免制度及政策之研究規劃事項。 (三) 關於公民行使創制複決權之法令制 (訂) 定及制度規劃事項。 (四) 關於全國性政治團體之許可設立、核准立案及登記備查事項。 (五) 關於政黨之備案及政黨法人登記之核准事項。 (六) 關於全國性政治團體、政黨會務之輔導事項。 (七) 關於政治團體相關法制之研擬及法令解釋事項。 (八) 關於政黨處分案件蒐證及移送事項。 (九) 關於地方立法機關法制研議及法令解釋事項。 (十) 關於中央民意代表、直轄市議員名籍管理事項。

三、宗教輔導科 (一) 關於宗教政策之規劃事項。 (二) 關於宗教法規之制 (訂) 定及宗教法令解釋事項。 (三) 關於宗教財團法人之許可及輔導事項。 (四) 關於宗教社團目的事業之輔導事項。 (五) 關於宗教活動之輔導事項。 (六) 關於國際性宗教活動及會議之輔導事項。 (七) 關於寺廟登記輔導事項。 (八) 關於宗教團體興辦公益慈善及社會教化事業輔導、獎勵事項。 (九) 關於臺灣地區與大陸地區宗教交流之輔導事項。 (十) 關於宗教團體負責人聯繫協調事項。 (十一) 關於績優宗教人士表揚及獎勵事項。

四、禮儀民俗科 (一) 關於禮儀行政之釐訂及督導事項。 (二) 關於國旗國徽之管理事項。 (三) 關於紀念典禮辦理及督導事項。 (四) 關於端正禮俗規劃、督導及獎勵事項。 (五) 關於紀念日節日法令之制 (訂) 定事項。 (六) 關於劃一時曆事項。 (七) 關於國葬、公葬相關法制研擬及法令解釋事項。 (八) 關於殯葬相關法制研擬及法令解釋事項。 (九) 關於殯葬設施規劃、推動及輔導事項。 (十) 關於殯葬行為、殯葬服務之改善及規範事項。 (十一) 關於殯葬設施及殯葬服務之消費者保護事項。 (十二) 關於祭孔儀典及孔廟財產維護之輔導事項。 (十三) 關於禮儀民俗業務人員輔導及訓練事項。 (十四) 關於殯葬業務人員輔導及訓練事項。

五、史蹟維護科 (一) 關於古蹟保存法制研擬及法令解釋事項。 (二) 關於報列國定古蹟之審查、指定及公告事項。 (三) 關於古蹟保存維護之調查研究、綜合規劃及督導事項。 (四) 關於古蹟保存、發掘、修復及再利用計畫之審查及督導事項。 (五) 關於古蹟保存維護之宣揚及獎勵事項。 (六) 關於古蹟土地容積移轉之審查事項。 (七) 關於古蹟修復工程勞務主持人之審核登錄事項。 (八) 關於古蹟保存國際組織辦理活動及會議之參與及協助事項。 (九) 關於淡水紅毛城保存維護及經營管理事項。 (十) 關於民俗及有關文物保存維護之獎勵及督導事項。

六、地方督導科 (一) 關於縣 (市) 政府及所屬機關組織編制備查事項。 (二) 關於縣 (市) 地方自治行政指導協調及概況資料處理事項。 (三) 關於村里鄰調整及統計事項。 (四) 關於縣 (市) 長就職宣誓、監誓、服務、差假管理、獎懲、停職、 解職事項。 (五) 關於鄉 (鎮、市) 長及村里長之服務福利及差假管理事項。 (六) 關於特優村里長及績優民政人員之表揚事項。 (七) 關於辦理縣 (市) 長、鄉 (鎮、市) 長退職酬勞金及給卹金審核事 項。 (八) 關於縣 (市) 村里民大會暨基層建設座談會自治條例之備查事項。 (九) 關於締結姊妹市事項。 (十) 關於古蹟人員培訓事項。 (十一) 關於古蹟遺址環境影響評估事項。 (十二) 關於地方志書審議事項。 (十三) 關於臺灣省各級民意代表及村里長福利互助事項。

七、自治人員培訓科 (一) 關於縣 (市) 、鄉 (鎮、市) 一般民政、宗教、議政、選政、調解 及公共造產等自治人員培訓事項。 (二) 關於自治人員訓練計畫之訂定事項。 (三) 關於自治人員訓練課務之協調與實施事項。 (四) 關於地方民意代表職權行使及費用支給標準等法制之研擬規劃事項 。 (五) 關於縣 (市) 議會議員宣誓就職典禮之召集及縣 (市) 議會議長、 副議長選舉罷免監督事項。 (六) 關於縣 (市) 議會業務之聯繫監督事項。 (七) 關於縣 (市) 、鄉 (鎮、市) 總預算案審議情形聯繫彙整事項。 (八) 關於縣 (市) 議會議決案執行之協商及無效之函告事項。 (九) 關於縣 (市) 議會議員兼職之限制與處理事項。 (十) 關於縣 (市) 議會自律規則及各種委員會之備查事項。 (十一) 關於縣 (市) 議會定期會、臨時會議事日程之備查事項。 (十二) 關於縣 (市) 議會議員及議長、副議長辭職、去職或死亡之備查 事項。 (十三) 關於縣 (市) 議會議長、副議長當選證書及縣 (市) 議會議員服 務年資證書核發事項。 (十四) 關於鄉 (鎮、市) 民代表會業務之輔導事項。

八、自治事業科 (一) 關於公共造產事業法規之擬定、修訂、解釋事項。 (二) 關於公共造產事業資源之調查、規劃、輔導事項。 (三) 關於縣 (市) 、鄉 (鎮、市) 公共造產事業效益評估與輔導事項。 (四) 關於縣 (市) 政府公共造產年度計畫之備查事項。 (五) 關於公共造產事業資訊之建立連繫事項。 (六) 關於補助縣 (市) 及鄉 (鎮、市) 推動公共造產事業計畫之審核、 抽查與管制事項。 (七) 關於公共造產基金貸款案件之審核及進度管制事項。 (八) 關於縣 (市) 及鄉 (鎮、市) 辦理公共造產事業獎勵金之核定事項 。 (九) 關於縣 (市) 及鄉 (鎮、市) 公共造產年度成果考核、工作競賽、 檢討及示範觀摩活動事項。

九、基層建設科 (一) 關於調解行政法令之核定及疑義解釋事項。 (二) 關於調解行政措施之督導、業務績效考評及獎勵表揚事項。 (三) 關於調解行政人員訓練講習之規劃事項。 (四) 關於祭祀公業之法令制 (訂) 定及解釋事項。 (五) 關於神明會之法令解釋事項。 (六) 關於神壇活動輔導事項。 (七) 關於全國性宗教財團法人輔導事項。 (八) 關於國有財產贈與寺廟教堂之審查轉報事項。 (九) 關於教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅之審查轉報事項。 (十) 關於寺廟教堂 (會) 申請山坡地開發建築免受十公頃限制案件， 及宗教團體申請變更編定特定目的事業用地事項。 (十一) 關於寺廟教堂 (會) 申請農業用地更名事項。 (十二) 關於先哲、先烈祠宇管理及忠烈祠祀審核事項。 (十三) 關於人民之褒揚及獎勵審核事項。