第三處掌理下列事項：

一、臺灣地區安全情報、反情報之部署、蒐研及協調處理事項。

二、影響臺灣地區安全有關跨境情報之協調處理事項。

三、臺灣地區安全情勢研析事項。

四、臺灣地區安全情報協調會報有關事項。

五、其他有關台灣地區安全情報工作事項。