密碼作業督導機關計分四大體系，其權責分工如下：

一、行政院外交國防法務處：督導行政院及所屬機關與受委託行使公權力 之個人、法人或團體之密碼作業。但屬國防部及外交部者，不在此限 。

二、外交部資訊及電務處：督導外交部及駐外館處與受委託行使公權力之 個人、法人或團體之密碼作業。

三、國防部參謀本部通信電子資訊參謀次長室：督導國防部及所屬軍事機 關、部隊、學校與受委託行使公權力之個人、法人或團體之密碼作業 。但國家情報工作法第三條第一項第一款情報機關，不在此限。

四、主管機關密碼業務單位：督導前三款以外政府機關及第三款但書所列 機關之密碼作業。

前項機關之權責如下：

一、辦理密碼作業人員管制與教育訓練。

二、辦理密碼作業督考及獎懲。

三、辦理保密裝備申製、配發、補保與管制等事項。

四、輔導建立密碼作業安全防護。

五、其他密碼作業有關業務。