秘書處設下列各科；其職掌如下：

一、議事科： (一) 關於院會、各委員會召集人會議、全院委員談話會及其他重要會議 議程之編擬及紀錄整理事項。 (二) 關於決議案之處理及有關工作表報之編製事項。 (三) 其他交辦事項。

二、文書科： (一) 關於文書作業之管理事項。 (二) 關於文件之收發、分文、繕校事項。 (三) 關於印信典守事項。 (四) 不屬於本院其他單位主管之文書業務事項。 (五) 其他交辦事項。

三、檔案科： (一) 關於檔案之集中管理事項。 (二) 關於檔案之登記、編目、保管、查詢、調閱、稽催等事項。 (三) 其他交辦事項。

四、總務科： (一) 關於公用物品、辦公機具之採購、驗收、保管事項。 (二) 關於公用房舍、土地產權之管理事項。 (三) 關於公款出納及現金保管事項。 (四) 關於員工醫療服務事項。 (五) 關於員工福利、膳食供應及不屬於本院其他單位之庶務事項。 (六) 關於委員、職員薪俸表冊之編製及員工所得稅扣繳事項。 (七) 其他交辦事項。

五、管理科： (一) 關於會議場地之管理、佈置事項。 (二) 關於房舍營繕、管理、公產維修、環境衛生及消防事項。 (三) 關於技工、工友之僱用、管理、工餉、保險、福利互助及退職撫卹 事項。 (四) 關於約聘僱人員保險事項。 (五) 關於車輛調派、養護、保險、檢驗、油料及停車場管理事項。 (六) 關於駕駛、修車技工之管理事項。 (七) 關於本院水、電、瓦斯、電信費支付事項。 (八) 關於防護團組訓事項。 (九) 其他交辦事項。

六、公共關係科： (一) 關於本院新聞稿件之處理及發布事項。 (二) 關於新聞記者之接待、採訪及聯絡事項。 (三) 關於外賓與僑胞之接待及聯絡事項。 (四) 關於本院與各有關機關之聯絡事項。 (五) 關於促進公共關係之研究及建議事項。 (六) 關於本院委員出、入境通關禮遇事項。 (七) 其他交辦事項。