自由港區事業存儲之貨物，未依第三十條規定辦理或經查核無故短少者， 除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得由海關予以警告或處新臺幣三萬 元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰 ；經處罰三次仍未完成改正者，得由海關停止其六個月以下之進儲貨物或 由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。