智慧財產法院對應設置高等法院檢察署智慧財產分署，其類別及員額依附 表之規定。

各地方法院及其分院檢察署檢察官辦理第三條第二款及第四款之刑事案件 ，其直接上級法院檢察署檢察長為高等法院檢察署智慧財產分署檢察長。